Warning: Parameter 1 to wp_default_scripts() expected to be a reference, value given in /www/doc/www.3dcolony.cz/www/wp-includes/plugin.php on line 579

Warning: Parameter 1 to wp_default_styles() expected to be a reference, value given in /www/doc/www.3dcolony.cz/www/wp-includes/plugin.php on line 579

Kurzy a pracovní pobyty

Prosinec 2014:

Ve dnech 3. – 5. prosince 2014 během návštěvy Gregora Gilfillana v Praze se konalo první jednání řídícího výboru. Dále byly na programu setkání vědecké diskuse a plán postupu prací na projektu YEASTSEQ.

Old town square, Photo Z. Palkova
Staroměstské náměstí, foto Z. Palková

Březen 2015:

Gregor Gilfillan navštívil Univerzitu Karlovu v Praze na dva týdny (8. – 21. března 2015) s cílem rozšířit znalosti a dovednosti členů českých týmu v souladu s dlouhodobým záměrem spolupráce na projektu YEASTSEQ. Gregor Gilfillan učil doktorandy a mladé výzkumné pracovníky pracovních skupin z UK a MBÚ AV ČR techniky FAIRE a imunoprecipitace chromatinu (ChIP), které budou využity pro identifikaci epigenetických regulací uplatňujících se při reprogramování biofilmům podobných strukturovaných kolonií. Během návštěvy se též uskutečnilo druhé jednání řídícího výboru projektu.

Prague castle, Photo Z. Palkova
Pražský hrad, foto Z. Palková
Prague castle, Photo Z. Palkova
Pražský hrad, foto Z. Palková

Květen 2015:

Studentka doktorandského programu Jana Maršíková (z Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy v Praze) se ve dnech 11. – 15. května 2015 zúčastnila pracovního pobytu v sekvenačním centru Oslo University Hospital, kde byla zaškolena do postupů přípravy vzorků a knihoven pro RNA sekvenaci nové generace. Jana do Oslo přivezla vzorky RNA šesti různých typů diferencovaných buněk kvasinkových kolonií a během pracovního pobytu z nich připravila příslušné RNA knihovny. Školení zajistil Gregor Gilfillan a nabyté vědomosti jsou předávány dalším členům pražských týmů z UK a MBÚ AV ČR.

Oslo, photo Jana Maršíková
Oslo, foto Jana Maršíková

Další fotografie naleznete  zde.

Červen 2015:

Bioinformatik Alexandru Mizeranschi navštívil v termínu 9. – 26. června 2015 Oslo a byl Timothy Hughesem vyškolen v používání bioinformatických nástrojů potřebných pro projekt YEASTSEQ. Výcvik byl zaměřen na použití bioinformatického software pro analýzu dat získaných prostřednictvím sekvenací nové generace z RNA-Seq, ChIP-Seq and DNA sekvenačních experimentů. Během návštěvy Alexandru také nastavil Amazon EC2 cloud server, který je využíván pro skladování a analýzu dat projektu YEASTSEQ.

Červen 2015:

17. – 21. června 2015 Zdena Palková a Libuše Váchová navštívily Oslo a zúčastnily se třetího jednání řídícího výboru projektu. Jednání bylo doplněno vědeckou diskusí týkající se pokroku dosaženého v experimentech a plánem dalšího postupu prací v projektu YEASTSEQ.

Oslo, photo Z. Palkova
Oslo, foto Z. Palková

Další fotografie naleznete zde.

Listopad 2015

Otakar Hlaváček (vědecký pracovník Mikrobiologického ústavu) navštívil sekvenační centrum Oslo University Hospital ve dnech 24. – 28. listopadu 2015, s cílem osvojit si metody přípravy vzorků a knihoven pro DNA sekvenaci pomocí sekvenační techniky TrueSeq. Během svého zaškolení připravil knihovny ze 14 vzorků DNA z různých sektorů kvasinkových kolonií a z 5 dalších kontrolních vzorků přivezených z Prahy. Zacvičil se pod vedením Gregora Gilfillana a své znalosti následně předá dalším členům pražských pracovních skupin z MBÚ AV ČR a UK.

Oslo port, photo O. Hlavacek
přístav v Oslo, foto O. Hlaváček

 

 

Březen 2016

Gregor Gilfillan navštívil Prahu (29. 2. – 2. 3. 2016) a zúčastnil se 4. jednání řídícího výboru projektu. Vědecká diskuze se týkala analýzy dat z RNA-seq a metody FAIRE (viz obrázky). Vzhledem k tomu, že se pravděpodobně jednalo o poslední setkání před definitivním přesunem pražských laboratoří na nové působiště jižně od Prahy, se účastníci sešli na obědě v oblíbené nedaleké restauraci Pivovarský dům.

IMG_2423
foto G. Gilfillan
IMG_2407
foto G. Gilfillan
IMG_2397
foto G. Gilfillan

Červen 2016:

18. – 21. června 2015 Zdena Palková se spoluřešitelkou Libuší Váchovou navštívily Oslo a zúčastnily se pátého jednání řídícího výboru projektu (Steering Committee). Na pořadu jednání byl průběh řešení a stav plnění jednotlivých plánovaných workpackages, odborné otázky a plán dalších experimentů FAIRE a ChIP.

 Září 2016:

David Segorbe (postdoktorand Laboratoře biologie kvasinkových kolonií) navštívil sekvenační centrum Oslo University Hospital ve dnech 25. – 29. září 2016, s cílem přípravy DNA knihoven použitím vzorků Faire připravených v Laboratoři biologie kvasinkových kolonií. Zacvičil se pod vedením Gregora Gilfillana a zároveň diskutoval další kroky v metodě chromatin imunoprecipitace (Chip).

Listopad 2016:

Gregor Gilfillan navštívil ve dnech 8. a 9. listopadu 2016 Prahu a spolu s vedoucími výzkumných skupin, Z. Palkovou and L. Váchovou, se zúčastnil II. Česko-norské výzkumné konference – Praha 2016.
Následujícího dne, 9. listopadu 2016, se Gregor Gilfillan zúčastnil šestého jednání řídícího výboru projektu. Byla diskutována budoucí spolupráce na využití přepínání fenotypů jako epigenetického toxikologického testu.

Prosinec 2016:
Derek Wilkinson, postdoktorand Laboratoře biologie kvasinkových kolonií, se zúčastnil kurzu proteomické bioinformatiky organizovaného pod záštitou Evropského bioinformatického institutu (EMBL/EBI), který se konal na půdě Wellcome Genome kampusu v Hinxtonu, nedaleko Cambridge ve Velké Británii. Kurs představoval možnost naučit se základům ale i novinkám v oblasti proteomické bioinformatiky a hmotnostní spektroskopie proteinů.

A model for cancer progression and development of drug resistance in biofilms